Los pozos de gas a menudo se perforan o cerca de los acuíferos, y las quejas sobre el agua de pozos contaminados no son infrecuentes. Un miedo expresado con frecuencia, especialmente en áreas donde el fracking es nuevo, es que la fractura de rocas subterráneas permitirá que los líquidos contaminados y el gas de lutita liberado migren hacia arriba desde el depósito de esquisto y hacia la capa freática. Los funcionarios de la industria insisten, y la mayoría de los funcionarios ambientales están de acuerdo, que esto es extremadamente improbable. Un trabajo de frack típico se realiza a profundidades de 1.500 a 2,500 metros (5, 000 a 8, 000 pies). Entre el depósito de lutita y el piso de un acuífero (que normalmente se encuentra no más de unos pocos cientos de metros debajo de la superficie) hay numerosas capas de roca que evitarían la infiltración de gas y líquido, aunque algunos científicos creen que existe una posibilidad, en algunas formaciones geológicas, que el gas de esquisto liberado puede seguir las fallas existentes y las fracturas hacia arriba hasta la mesa de agua. Un escenario más probable sugerido por algunos científicos podría ser la difusión del gas de esquisto a través de pozos viejos y desuso que no han sido compatibles o enchufados adecuadamente. Una causa frecuentemente documentada de la contaminación local es la carcasa defectuosa en la porción de un pozo de gas activo que pasa a través de un acuífero, lo que permite que el gas de producción y los líquidos pasen al suministro de agua.
En 2010, Gasland, una película documental estadounidense crítica de fracking, creó una sensación con sus imágenes de un grifo de cocina que arroja llamas en Fort Lupton, Colorado. El éxito de la película (que fue nominado para un Premio de la Academia) inspiró una serie de videos de imitación en Internet. Tales eventos podrían ser rastreables para la perforación, que en muchas ocasiones ha perturbado los bolsillos de gas previamente desconocidos ubicados cerca de los acuíferos, lo que permite que el gas metano impregna el agua de pozo en concentraciones más altas de lo normal. Sin embargo, tales perturbaciones se pueden crear mediante la perforación de casi cualquier tipo, ya sea para gas, petróleo o incluso agua de pozo. Por esta razón, los funcionarios de la industria, al tiempo que admiten que los procedimientos de perforación deben llevarse a cabo con estándares estrictos, sin embargo, insisten en que las condiciones explosivas casi seguramente no serían causadas directamente por la fractura hidráulica de depósitos de esquisto bajo tierra.
